La région a été peuplée très tôt puisqu'on a découvert deux sites préhistoriques puis des traces d'occupation gauloise et gallo-romaine. Le patrimoine archéologique de la commune est assez conséquent, quoique méconnu.
En effet, l'Allier est très proche et, de ce fait, Maringues a une situation privilégiée. Dès le haut Moyen Âge, la rivière Allier est une voie de circulation entre Pont-Picot (hameau de Maringues au bord de l'Allier) et la région parisienne ainsi qu'entre l'Auvergne et la côte atlantique. La circulation fluviale y est importante et de nombreux produits circulent (bois, vins, charbons, cuirs…).
L'apparition de Maringues est certaine en 1050 avec la fondation d'un prieuré par Robert de Turlande. À cette époque, Maringues, avec Luzillat, était le chef-lieu des terres de Montgascon ou Montgacon (qui passèrent aux comtes d'Auvergne par le mariage de Robert VI) et a obtenu une charte de franchise en 1225, charte renouvelée et ratifiée au xive. La ville était entourée par 2 enceintes de fortifications : une première construite autour de l'église et englobant le château-fort de la ville, et une seconde, plus tardive, édifiée en 1443 et dont le tracé est encore visible aujourd'hui.
Le Moyen Âge marque l'apogée de l'artisanat des tanneries (qui existait depuis l'époque romaine), qui devient le second pôle économique de la cité. La ville de Maringues et ses bords de Morge sont caractéristiques de cet artisanat.
Un atelier temporaire de frappe de monnaie est créé à Maringues en supplétif de celui de Clermont. Il fonctionnera de 1591 à 1593 sous le règne d’Henri IV et fabriquera des douzains et des doubles sols.
Au XVI ème siècle, la ville s'enrichit : les foires se multiplient et les échanges commerciaux se développent, faisant de Maringues la deuxième place commerciale d'Auvergne, après Montferrand. En 1556, la ville reçut le roi Charles IX se rendant à Pont-du-Château et, en 1558, elle rejoint, comme d'autres villes de basse Auvergne, le groupe des Bonnes Villes d'Auvergne.
Mais le XVI ème a aussi été marqué par les guerres de religion et la ville est devenue peu sûre. Le protestantisme s'est installé tôt à Maringues et a entraîné des querelles et des vengeances de la part des deux camps. C'est l'édit de Nantes en 1598 qui a ramené la paix et a permis la création d'un prêche protestant à Maringues. Avec la révocation de l'édit en 1685, les familles protestantes de Maringues se convertissent ou émigrent en Allemagne. Beaucoup d'entre elles ont émigré à Kelze. Ces deux villes sont aujourd'hui jumelées.
Au XVII ème siècle, après la Révocation, un couvent des Récollets s'installe à Maringues (1613) et un couvent des Ursulines le rejoint en 1641. Cependant, la ville décline car le port est transféré ailleurs et les caravanes venant du Midi ne s'y arrêtent plus (préférant Pont-du-Château). Par ailleurs, l'artisanat des tanneries, qui jusque-là se portait bien, décline. En effet, une taxe est imposée sur les cuirs et un traité de commerce est passé avec l'Angleterre en 1786, tout ceci contribuant à faire péricliter cet artisanat. Les tanneries sont cependant restées prospères jusqu'en 1860 (encore une soixantaine) et disparaissent à la Première Guerre mondiale.
Aujourd'hui, l'artisanat des tanneries a disparu.
On fabriquait à Maringues de petites voitures hippomobiles à deux roues, nommées maringottes, qui furent connues jusqu’au début du XX ème siècle comme les voitures qui servaient à promener les touristes au Mont Saint-Michel.
Une partie du film Uranus sorti en 1990 de Claude BERRI est tourné à Maringues.